惠州市惠阳区国家税务局前身是惠阳市国家税务局，惠阳市国家税务局于1994年10月挂牌，1995年1月正式运作，2003年6月，因惠阳撤市设区，由惠阳市国家税务局改组成为惠阳区国家税务局。惠阳区国税局共设置有9个行政股室：办公室、监察室、人事教育股、征收管理股、税政管理股、计划统计股、税源管理一股、税源管理二股、办税服务厅；1个直属机构：稽查局；1个事业单位：计算机信息中心；3个派驻机构：新圩税务分局、良井税务分局、三和税务分局。
国家税务总局惠州市惠阳区税务局，是由原惠州市惠阳区国家税务局、原惠州市惠阳区地方税务局合并而成。
2018年7月20日，国家税务总局惠州市惠阳区税务局正式挂牌，标志着原惠州市惠阳区国家税务局、原惠州市惠阳区地方税务局正式合并。
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